Kudüs Zekât Komisyonu, Mescid-i Aksâ’nın batı tarafındadır. Vakıflar Daire Başkanlığı’na bağlıdır. Alınan yardımlarla Mescid-i Aksâ’ya katkı sağlamaktır. Önemli projelere imza atan komisyon hâlen aktif bir şekilde çalışmaktadır. En bilinen faaliyetleri şunlardır:

• Kurban, adak, akika kurbanların kesilip fakirlere dağıtımı
• Ramazanda iftar ve sahur ikramı
• Ihtiyaç sahipleri için yardım paketleri ve yakacak dağıtımı
• Esirlerin ailelerine düzenli yardım
• Talebelere okul çantası ve kırtasiye malzemesi dağıtımı