İlim ve ibadet merkezi olan bir yapı için temizlik ve su vazgeçilmez, aslî bir ihtiyaçtır. Buradaki kuyular alışıldık sondaj ya da kazarak oluşturulan kuyulardan farklı olarak sarnıçlara, haznelere daha çok benzemektedir. Toprağın altında oda şeklinde bir mekân hazırlanır, burası yer altı ve yağmur sularıyla dolarak kuyu hâline gelip kullanılır. Toplam da 13 kuyumuz var.